本實驗室依據原分所的作業流程，將實驗室垃圾分類為以下幾種處理方式:

1. 一般垃圾: 常見、不引起一般民眾擔心的垃圾，請丟於325實驗室中原本的粉色垃圾桶。

2. 化學廢液: 請依種類不同倒在化學櫃下層的廢液回收處

3. 可燃固體廢棄物: 如手套、拭鏡紙、無塵紙等，不論是否汙染，請丟於325實驗室中綠色垃圾桶。

4. 不可燃固體廢棄物: 如過期與報廢化學品(原物料）、實驗產生之化學廢棄物(實驗產物)及沾染化學品之實驗器皿、器材、耗材等廢棄物，

    如藥品空容器、玻璃滴管、試管等，請丟於325實驗室藍色垃圾桶。

5.  生物醫療廢棄物: 生物實驗出產的廢棄物皆為此類，請丟於403的垃圾桶。

上述第2~4種垃圾由安全官配合所上規定時間清運，第1種垃圾由各周值星官B清理，在丟棄垃圾時若有疑問，可以看垃圾桶上所貼的標示進一步確認。

原分所制度如下:

依「中研院廢棄物分類處理作業要點」及「台大資源回收簡易分類表」，
實驗室可能產出的廢棄物之分類與處理方式如下:

1.生活垃圾與一般廢棄物:
  即一般家庭也會有的垃圾與廢棄物，隨時可按一般垃圾、各類別資源回收物及廚餘分類放置原分所一樓的分類垃圾桶(液態氮填充區旁)，每日本所清潔人員會打包分類垃圾桶內垃圾放到道路旁固定回收點由垃圾車進行回收。

2.有害事業廢棄物 (參照「中央研究院廢棄物分類處理作業要點」附表):

  (1) 化學廢液: 係指實驗室從事教學、研究等過程所產生具有危害安全及污染環境之虞的化學廢液，每月一次由院方安排車次清運。

  (2) 可燃實驗室有害固體廢棄物: 如沾有藥品的手套、擦手紙等，每月一次由院方安排車次清運。

  (3) 不可燃實驗室有害固體廢棄物:如過期與報廢化學品(原物料）、實驗產生之化學廢棄物(實驗產物)及沾染化學品之實驗器皿、器材、耗材等廢棄物，如藥品空容器、玻璃滴管、試管等，每2-3月一次由院方安排車次清運。
  (4) 生物醫療廢棄物: 法規定義為包含基因毒性物、廢尖銳器具、及感染性廢棄物 (廢棄之微生物培養物、菌株及相關生物製品，受污染動物屍體、殘肢及墊料，生物安全等級第三級及第四級實驗室所有產生之廢棄物，生物安全等級第二級實驗室中與微生物接觸之廢棄物)，但為了避免過去常發生的認定問題，最好將所有生物實驗產出廢棄物皆視為生物醫療廢棄物，如生物實驗的操作手套、培養皿、擦手紙、pipet tip、廢檢體、廢標本、器官組織、針頭含推進器等，每周一次由所方合約廠商清運。

 清運方式:生物醫療廢棄物為每周一上午10:20，其他類別則依據電子郵件及當日廣播通知的時間，由產出實驗室帶至本所液態氮後門等待垃圾車來清運。

3.一般事業廢棄物:
  即使是未使用過的化學或生物實驗器皿，如全新的pipet tip​的盒子、全新的載玻片塑膠盒、無毒無害之實驗室器具等，也就是只要是一般社會大眾不常接觸到的，為避免一般大眾與後端處理人員的疑慮，現行作法為視同有害事業廢棄物處理。