本設施附設於中央研究院物理所，網址：http://www.phys.sinica.edu.tw/~nanofacilities/。
申請使用此設施的內部程序與一般採購案一樣，首先必須取得計畫指導的認可後才能進行。
申請流程請參：http://www.phys.sinica.edu.tw/~nanofacilities/apply.htm，並直接在網頁上進行「線上申請」。
申請案由儀器負責人會同相關領域專家負責審核。審核標準以研究計畫內容是否確為奈米尖端研究且確實必須使用某儀器為準則。
委託操作者必須到場說明及協助。
申請至收到回覆約三至五個工作天，下載（院內版）並填寫「同意書」後給計畫指導簽字，之後掃描「同意書」連同「內部請購單」進行內部採購程序，再將「同意書」交給行政助理以公文傳遞方式送至該單位，核准後會核發使用者帳號以進入「線上預約」的步驟。或，申請後院方會寄「同意書」給計畫指導簽名，掃描「同意書」連同「內部請購單」進行內部採購程序， 核准後即可與該單位聯絡安排操作日期及時間：nanocore@phys.sinica.edu.tw。
若有問題請與管理者聯絡：http://www.phys.sinica.edu.tw/~nanofacilities/about.htm#contact。
收費方式：由中研院奈米核心設施管理單位，每年一次結算統計使用人所應支付之費用。本單位將從使用人之院內研究計畫或是業務費用配額之中，將應付款項轉至本設施之管理單位。