由於本實驗室技術項目非常多，入門門檻很高。為了讓各組之間的技術交流更有效率，避免因為人員離職而造成技術失傳，讓新進者能快速進入狀況，且避免失誤造成設備損壞，所以要求各項技術/自製儀器必須在確認已到合適的成熟地步時，就要建立標準作業程序/使用手冊，加入實驗室網頁『實驗室設置標準作業程序』中。
設施分支總監與計畫指導有職責，對於其管轄的項目與人員要求在合適時機製作標準作業程序/使用手冊上網，以及在升級或變更時進行更新。
雖然都是放在實驗室網頁的『標準作業程序』內，但裡面的項目的名稱分為三類，包括 XXXXX設置/架構、XXXXX使用手冊、XXXXX標準作業程序。『設置』是包含圖與清單而已，沒有操作流程，例如網路線配置圖。『使用手冊』是用在自製儀器，通常為一個 html檔，裡面分項包含有架設圖與元件規格表、整個儀器架設的規格參數、維護人的操作流程、使用人的操作流程、及控制程式與校正程式、甚至故障排除程序。『標準作業程序』是用在單一儀器的操作流程或使用多個儀器來達成一整個工作的整合流程，也就是說這裡面的各儀器本身已有其手冊，或是整個是個流程而非組合的儀器，所以不叫做使用手冊。
如果因為檔案太大而採放 pdf檔在網頁內的話，那一定要把原始檔放到 group document database/SOP_Original內，以方便後人修改。
所有操作流程的標準作業程序，以拍影片為最佳方式（有片頭、字幕及聲音，見影音標準作業程序製作流程），次優為文件檔的標準作業程序（例如 MS-Word檔）。文件檔的標準作業程序裡要有很多執行步驟的照片（可以想像一下哪些地方該有照片才容易理解）。沒有照片的標準作業程序就跟天書一樣，很難下嚥。
各標準作業程序裡，對於較不是很明顯為何要如此做的地方，都應該簡短補充說明理由，以達到訓練提升科學知識的功能（使日後能舉一反三），而不要只是機械式的動作敘述。實驗室手冊裡的各項規範也應該如此。
要加入標準作業程序到網頁上時，請把各標準作業程序裡需要的各式檔案都放上去。也就是說，若是除了一個 .doc 或 .mpg檔外，若還有其他如 .doc, .vi, .llb, .mcd（例如控制程式與計算程式），那就要全部封裝在一起以避免分離開，也就是建一個要連結的主 html 檔，裡面再放所有需要的檔案的連結。各項連結的網頁及檔案名稱都要明確，並適當說明各檔案用途。注意html檔裡要從 Frontpage Editor功能選單把『檔案』的『內容』裡的『標題』改成和該標準作業程序/使用手冊的標題一樣。
製作好的標準作業程序/使用手冊要經過上級驗證。要加入標準作業程序到網頁上時，請把檔案交給原分所區行政助理放入，並確實告知要放置的位置。加入後，製作者要上網確認連結無問題，然後公告給全實驗室。各標準作業程序應在前面加入製作者的姓名及日期及後續更新者的資料。
各上游雷射系統的開關機操作程序與例行性維護程序、上游強場雷射技術特殊技術流程、各中游實驗站之各雷射電漿儀器的開關機操作與使用程序及例行性維護程序、各雷射電漿物理實驗特殊技術流程、各下游應用站之各應用技術的開關機操作與使用程序及例行性維護程序、各下游研究實驗特殊技術流程、各自製獨立儀器開關機操作與使用程序及例行性維護程序、各實驗室環境系統的操作與應變程序等，都必須建立標準作業程序。商業獨立儀器因已有手冊，且較單純，不硬性要求建立這樣的制度，但各儀器的管理組應把該儀器的重要注意事項印出護貝貼在儀器上，有較複雜的使用流程者才建立標準作業程序文件或影片（上網及印出放在儀器上的U型夾內），以避免犯錯造成儀器損壞。所有使用任何設備的人都應該先看過手冊及標準作業程序（有的話）後再進行。不要只是看別人操作的一個樣子就以為都知道了。